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RELION Benchmark

電子顕微鏡用の画像処理ソフトウェアRELION(https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php?title=Main_Page)のベンチマークテストです。RELION公式ページのGetting Startedで紹介されているBenchmarks & computer hardwareからダウンロード可能なベンチマークデータ(Plasmodium ribosome)を使用します。平成30年10月現在データの大きさは48GBです。

3D classification

コマンドラインは、Benchmarks & computer hardwareのページを参考にして、以下の通りとします。

mpirun -np number_of_processrs relion_refine_mpi --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling 1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d/ --j 4 --pool 100 --gpu --dont_combine_weights_via_disc

実行時間は、ジョブの実行から終了までのelapsed time(sec)とします。

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