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超並列分子動力学計算ソフトウェア

GENESIS

理化学研究所で開発されている超並列分子動力学計算ソフトウェア GENESIS (http://www.aics.riken.jp/labs/cbrt/) の動作確認情報、及び、ベンチマークを掲載しています。

September 27, 2018

動作確認 GENESIS-1.3.0 Intel Fortran v2019 + CUDA v10.0

以下の環境にて、動作確認を行いました。

ハードウェア 

HPC-ProServer DPeR740 1台 
CPU : (2) Intel Xeon Gold 6142 CPU 2.60GHz 16C/32T
Mem : 144GB 2666MT/s DDR4
GPU : (2) NVIDIA TITAN V 

ソフトウェア

OS : CentOS 7.5

Compiler : Intel Parallel Studio XE v2019

CUDA : 10.0

NVIDIA Driver: 410.48

動作確認

以下の regression test を全てエラーなく pass しました。

GPU版

test.py "mpirun -np 8 bin/spdyn" gpu

非GPU版

test.py "mpirun -np 8 bin/atdyn"
test.py "mpirun -np 8 bin/spdyn"

test.py "mpirun -np 8 bin/spdyn" parallel_io
test_remd.py "mpirun -np 8 bin/atdyn"
test_remd.py "mpirun -np 8 bin/spdyn"
test_rpath.py "mpirun -np 8 bin/atdyn"
test_rpath.py "mpirun -np 8 bin/spdyn"

September 03, 2018

動作確認 GENESIS-1.3.0 w/ TITAN V

以下の環境にて、動作確認を行いました。

ハードウェア 

HPC-ProServer DPeR740 1台 
CPU : (2) Intel Xeon Gold 6126 CPU 2.60GHz 12C/24T
Mem : 96GB((12)8GB)
GPU : (2) NVIDIA TITAN V 

ソフトウェア

OS : CentOS 7.5

Compiler : Intel Parallel Studio XE v2018.3

CUDA : 9.2

NVIDIA Driver: 396.44

動作確認

以下の regression test を全てエラーなく pass しました。

GPU版

test.py "mpirun -np 8 bin/spdyn" gpu

非GPU版

test.py "mpirun -np 8 bin/atdyn"
test.py "mpirun -np 8 bin/spdyn"

test.py "mpirun -np 8 bin/spdyn" parallel_io
test_remd.py "mpirun -np 8 bin/atdyn"
test_remd.py "mpirun -np 8 bin/spdyn"
test_rpath.py "mpirun -np 8 bin/atdyn"
test_rpath.py "mpirun -np 8 bin/spdyn"

 

 

July 17, 2018

動作確認 GENESIS-1.3.0 w/ Geforce 1080Ti

以下の環境にて、動作確認を行いました。


ハードウェア
HPC-ProServer DPeR740 2台
※以下サーバー1台あたりの仕様
 CPU : (2) Intel Xeon Gold 6142 2.60GHz
 Mem : 96GB (12) 8GB ECC DDR4 2666 Mhz
 Network : InfiniBand EDR 1port
 GPU : NVIDIA Geforce GTX 1080TI x 2

ソフトウェア
OS : CentOS v7.4
Compiler : Intel Parallel Studio XE v2018.1
MPI : OpenMPI v3.0.0
CUDA : v9.2
NVIDIA Driver : v396.37
Mellanox InfiniBand Driver : MLNX_OFED_LINUX-4.2-1.2.0.0
UGE : v8.5.4

動作確認

以下の regression test を全てエラーなく pass しました。

​GPU版

  • spdyn

February 12, 2018

動作確認 GENESIS-1.2.0 w/ Geforce 1080Ti 及び 非GPU版

以下の環境にて、動作確認を行いました。


ハードウェア
HPC-ProServer DPeR730 4台
※以下サーバー1台あたりの仕様
 CPU : (2) Intel Xeon CPU E5-2680 v3 2.50GHz
 Mem : 64GB (8) 8GB ECC DDR4 2133 Mhz
 Network : InfiniBand FDR 1port
 GPU : NVIDIA Geforce GTX 1080TI x 2

ソフトウェア
OS : CentOS v7.4
Compiler : Intel Parallel Studio XE v2017.4
MPI : OpenMPI v3.0.0
CUDA : v9.1
NVIDIA Driver : v387.26
Mellanox InfiniBand Driver : MLNX_OFED_LINUX-4.2-1.2.0.0
UGE : v8.5.4

動作確認

以下の regression test を全てエラーなく pass しました。

非GPU版

  • spdyn

​GPU版

  • spdyn

September 17, 2017

動作確認 GENESIS-1.1.5 非GPU版

ハードウェア
HPC-ProServer DPeR640 1台
※以下サーバー1台あたりの仕様
 CPU : (2) Intel Xeon Gold 6142 CPU @ 2.60GHz
 Mem : 192GB (12) 16GB ECC DDR4 2666 Mhz
 Network : 1000Base-T 4port

ソフトウェア
OS : Red Hat Enterprise Linux ComputeNode release 6.9
Compiler : Intel Parallel  Studio XE 2018 Cluster Edition

devtoolset-4
MPI : Intel MPI v2018.0.128

動作確認

以下の regression test を全てエラーなく pass しました。

非GPU版

  • spdyn

  • atdyn

September 03, 2017

動作確認 GENESIS-1.1.5 w/ Geforce 1080Ti

以下の環境にて、動作確認を行いました。


ハードウェア
HPC-ProServer DPeR730 4台
※以下サーバー1台あたりの仕様
 CPU : (2) Intel Xeon CPU E5-2690 v4 2.60GHz
 Mem : 64GB (8) 8GB ECC DDR4 2400 Mhz
 Network : InfiniBand FDR 1port
 GPU : NVIDIA Geforce GTX 1080TI x 2

ソフトウェア
OS : CentOS v7.3
Compiler : Intel Parallel Studio XE v2017.4
MPI : OpenMPI v2.1.1 及び Intel MPI v2017.3.196
CUDA : v8.0
NVIDIA Driver : v381.22
Mellanox InfiniBand Driver : MLNX_OFED_LINUX-4.1-1.0.2.0
UGE : v8.4.4

動作確認

以下の regression test を全てエラーなく pass しました。

非GPU版

  • spdyn

  • atdyn

  • spdyn mpiio

GPU版

  • spdyn

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