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遺伝子解析などで利用されるBLASTやHMMERなどの整数演算アプリケーションでの計算機の性能調査を、SPEC CINT2006を参考に用いて行います。幸いなことにSPEC CINT2006にはHMMERベンチが含まれており直接的な結果が利用できます。
評価したプロセッサは以下の5機種です。
注目のポイントとは次の比較です。
などです。
左側のグラフは1ジョブ処理の結果を示したものです。
AMD Opteron(TM)と旧Xeon (Core)にて8ジョブ並行処理を行うとメモリI/Oが急増するため、多くのアプリケーションでスループットの低下がみられます。その影響が特に激しいアプリケーションは青色のラインで表記し、少し影響がみられるアプリケーションを黄緑のラインで表記し、影響が皆無のアプリケーションを赤色のラインで表記しました。
驚いたことに、遺伝子解析で用いるHMMERは8並行処理でもメモリに影響されることはありませんでした。CPUクロック速度とコア数に律速されているようです。この結果から遺伝子解析システムでは6コア Opteronは非常に良い選択です。
新Xeon (Nehalem)はCPUクロック速度向上がどのアプリケーションについてもダイレクトに性能向上につながっています。非常にシステム性能のキャパシティーが大きいシステムであることがわかります。
本サイト記載の会社名および製品名は、それぞれ各社の商標または登録商標です。
【SPEC CPU2006の公開データを資料として引用】
SPEC, SPECint and SPECfp are resistered trademarks of the Standard Performance Evaluation Corporation. For more information on this SPEC benchmarks see www.spe.org. SPEC and the benchmark name SPEC CPU2006 are registered trademarks of the Standard Performance Evaluation Corporation. Competitive benchmark results stated above reflect results published on www.spec.org as of April 03, 2009. The comparison presented above is based on the best performing 2-cpu servers currently shipping by Intel Corporation, Dell Inc. and Hewlett-Packard Company For the latest SPEC CPU2006 benchmark results, visit http://www.spec.org/cpu2006/