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HPC計算機導入事例

ファイルサーバ導入事例 (抜粋)

Gaussian導入事例 (抜粋)

Quad-Core Xeon 2node 16core 2TBスクラッチ Gaussian & GAMESS & 4.5TB FS【導入事例】

はじめに

お客様はお手元の計算機では、プログラム開発と試し計算を行われたり、量子化学プログラムのコードに研究内容を盛り込んでの研究を進められているそうです。そして本計算は大型計算機センターで実行されているということでした。ご利用になられるアプリケーションはGaussianやGAMESSなどで、自作プログラムも利用されているそうです。

また、計算センターのファイルサーバだけでは容量が不足するため、手元にファイルサーバを設置され、センターでの計算結果も手元のファイルサーバに移動してから利用されるそうです。

お客様のご要望

1. 手元で使う開発用の計算機としては、ノードあたり2CPU 8コア機が２台ほしい
2. コアあたり4GBのメモリが欲しい (32GBメモリの必要性)
3. スクラッチディスクも高速かつ大容量のものが必要 (RAID0 1TB)
4. Gaussian、GAMESSはビルドして動作するようにセットアップして欲しい
5. 自作コードもコンパイルしたいので開発環境もセットアップが必要
6. 大容量のファイルサーバが必要
7. 計算機の設定や設置、運用には手間を取られたくないのでサポートを期待している
8. 短納期はもとより、運用開始までスピーディーにしてほしい
9. システムの拡張性を考慮して欲しい
10. オンサイト保守をしてほしい

納入した構成

お客様の要望を満たす構成として以下のシステムを製作・納入いたしました。

● 演算サーバ ２台 DPr690
GaussianやGAMESSでの大規模計算用計算機を構成する場合の定番計算機となったDPr690でHPCクラスタを構成しました。DPr690は１６本のメモリスロットを持ち32GBメモリがリーズナブルな価格で構成できます。また、スクラッチディスク用のRAID0で必要な500GB SATAドライブを２個搭載できます。さらに、これらを安定して動作させるキャパシティーがあります。

1. Quad-Core Xeon 2CPU 8コアを搭載
2. GaussianやGAMESS計算にてノード内の８並列計算まで可能
3. メモリは32GB搭載しコアあたり4GBのメモリを割り当てることが可能
4. 高速・大容量の1TBスクラッチディスク (500GB x2 RAID0) を搭載
5. Gaussian用にPGIコンパイラ搭載
6. GAMESSと自作プログラム用にIntel-Compilerを搭載
7. 一台をホスト機として設定
8. システムディスクを２重化

● ファイルサーバ １台 ホスト : DPe860、ディスクエンクロージャ : DPm1000
ファイルサーバは今後の拡張性を考えて、ラッキング可能な構成としています。ホストには1UサイズのDPe860を用い、CPUにはDual-Core Xeon 2.13GHz 1CPU 2コアに2GBメモリを搭載しています。システムディスクは250GB (２重化)構成となっています。このホストはファイルサーバとして運用し、計算サーバとしての利用は考えないのでFSB1066MHzのXeon3000番台を使用しています。

外付けのディスクエンクロージャとの接続用にはSAS RAIDカード PERC5eを内蔵しています。PERC5eにはSASポートが２ポート実装されていて、各ポートにはディスクエンクロージャが３台づつカスケード接続可能なため、合計で６台まで接続できます。今回は１台だけ接続しましたから、あと５台追加できます。

SAS接続のディスクエンクロージャDPm1000は最大１５基のディスクドライブを内蔵でき、750GB x 15 = 11.25TBの物理容量となります。これをRAID10構成とすると、実効容量としては1.5TBのボリュームを３セットによる4.5TBの構成として運用し、スペアドライブは３基利用可能とします。容量は半分以下となりますが、ディスクドライブの価格が低くなっており、そのメリットを速度と安定運用に振り向けた構成です。

● 開発環境
開発環境はPGIコンパイラとIntelコンパイラの二種類を搭載しています。64bitのPGIコンパイラはGaussianの公認コンパイラとなっておりGaussianを安心して利用できます。性能の出るIntelコンパイラはGAMESSや他のアプリケーションをコンパイルする場合には最適です。

● システムの自動ジョブ管理 (LSF)
パーソナルに用いるQuad-Core Xeon 2node 4CPU 16コア環境にてGaussian、GAMESS、自作ソフトなどを動作させるとなると、利用者が一人であっても集中力を必要とする開発・研究中にジョブのスケジューリングにまで神経を使うことは煩わしいことです。マルチコアのクラスタ環境でこそ優れたジョブスケジューラの利用は必須です。弊社が標準で利用しているLSFは完成度の高いジョブスケジューラとして高い評価を集めています。

● 完成品で試運転し、導入オンサイト作業にて即日稼動
お納めしたシステムはファイルサーバとHPCクラスタを組み合わせた上体で弊社工場でセットアップし、開発環境のインストールを行い実稼動状態で試運転をしました。そのため、導入のオンサイト作業はスムースに進み、導入日に稼動しました。

 

 

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