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Gaussian 03用のHPC計算機とクラスタ
計算機の高速化に対応する高速スクラッチディスクに関して
Gaussianによる大規模な計算では高速なスクラッチディスクが必要です。従来の1CPU機でさえも、Gaussianの大規模計算を実行すると経過時間の中でのディスクI/Oに占める時間の割合が大きくなるため、CPUだけの高速化を図っても費用対効果のバランスが悪くなる場合があり、性能のバランスを取るため高速なスクラッチディスクが搭載されていました。
マルチコア環境では大幅なディスクI/O速度の向上が課題
計算機に8CPUコアの搭載が普通になったマルチコア世代では、並列処理が普通となるためCPU時間は大幅に短縮化されます。すると相対的にディスクI/O時間の占める割合が増え、高速化を阻む大きなボトルネックとなります。
ベンチマークテストにてスクラッチディスクの有効性を確認
スクラッチディスクの効果を実際の計算により確認できるようなテスト結果を公開しています。
オンボートRAIDコントローラを用いることで安く高速で大容量のスクラッチディスクを内蔵
ＨＰＣテクノロジーズのHPC ProServer DPr690はオンボードのRAIDコントローラが標準搭載されており、内蔵できる大容量SATAディスクをH/W RAID0化することで、高速、大容量のスクラッチディスクを低価格に実装できます。
| ディスク速度の目安 (SAS接続のSATAディスクのRAID0構成) | |||
| ディスク構成 | SATAディスク1本 | 2本ディスクのRAID0 | 3本ディスクのRAID0 |
| おおよその速度 | 70MB/s | 140MB/s | 200MB/s |
大容量スクラッチディスクの必要性
Linux環境では大規模なGaussian計算の実行が可能ですが、その場合には大容量のスクラッチディスクが必要な場合もあります。紹介しているH/W RAID0では複数のディスクを論理的に連結し、大容量なボリュームを構築することが可能です。
■ 参考ベンチマークテスト ハードウェアRAID0 vs ソフトウェアRAID0 (DPr690 + SAS5IR)