Gaussian 03セットアップサービス

Gaussian 03セットアップサービスの概要

弊社のLinux計算機ではGaussianのセットアップサービスを提供しています。このサービスは、Gaussianのソースコード・サイトライセンスを新たに導入されるお客様はもちろん、既にライセンスを保有されているお客様や、ライセンスを保有されている方と同じサイトのお客様に対してもご提供します。

実践的なGaussian 03セットアップサービス

弊社のGaussianセットアップサービスの目指すところは大規模なGaussian計算の実現と、高い性能を発揮させること、さらに安定稼動を実現することです。それを実現するために下記の項目の確実な実行が必要です。

◇ お客様のGaussian利用状況のヒアリング
◇ お客様のGaussianライセンスの状況調査
◇ Gaussian用計算機の適切な設計
◇ 材料手配と計算機の製作
◇ Gaussian社の指定に準拠したインストール
◇ Gaussianの正常動作の確認
◇ Gaussian運用開始までの支援
◇ Gaussian運用開始後のサポート

◇ お客様のGaussian利用状況のヒアリング

弊社ではGaussian用の計算機システムを受注させていただく場合に、現在のお客様のご利用状況のヒアリングを重視しています。お使いの計算機環境と現状の課題、新たなご希望などを詳しくお聞かせ願っています。

◇ お客様のGaussianライセンスの調査

Gaussianを利用する場合にソースコードライセンスの取り扱いは大切です。弊社ではお客様のGaussianのライセンス状況を確認し、必要に応じてバージョンアップ作業や新規手配サービスなどを行います。新規のGaussianのソースコードライセンスの取り扱いも行っています。

・お客様のサイトでのGaussianのライセンス状況を確認
・ Gaussianのソースコード・サイトライセンスを所有されている場合はバージョンの確認
・まだ導入されていないようでしたら、Gaussianライセンスの手配
・同一サイトの (同一組織) にサイトライセンスが存在しているならユーザ情報のご提供とバージョンの確認
・バージョンアップの手配準備、必要に応じてのCDメディアの手配準備

◇ Gaussian用計算機の適切な設計

弊社はGaussian用計算機の豊富な製作経験と運用経験を持っています。これを活かしてGaussian用計算機の適切な設計をします。

・最新のQuad-Core Xeonや大容量メモリを用いた計算機の構成の選択
・高速なシリアル接続を用いたRAID0などによるスクラッチディスクの構成の選択
・適切なOSの選択
・適切な開発環境の選択
・ジョブスケジューラの選択
・ HPC計算機構成の全体設計

◇ 材料手配と計算機の製作

設計された計算機を受注すると、すぐに計算機本体とソフトウェア類やラック、UPSなどの手配を行います。同時に、お客様からネットワーク設定に関する情報やライセンス収得に必要な情報を教えて頂きそれらの手配も進めます。全ての準備が整うと計算機システムを組み上げ、OSと開発環境をセットアップし高負荷テストを行い完成させます。計算機で残っているのはGaussianのインストールだけという状態に仕上げて納入します。そのため、オンサイトでのGaussianインストールを迅速/確実に行うことができ、納入後の安定稼動にも有益です。

◇ Gaussian社の指定に準拠したインストール

安心して利用できるGaussian計算機環境のご提供という観点からは、Gaussian社の指定に準拠したインストールは必須です。PGIコンパイラを用いて64bitネイティブなGaussianのビルドをGaussian社の指定に準拠して行います。この正規版のGaussianバイナリを高速なQuad-Core Xeon + SATA RAID0で動作させることで高速処理を実現します。

◇ Gaussianの正常動作確認

Gaussianのインストールでは正常動作の確認は大切です。弊社ではGaussianのセットアップ経験を豊富に持つエンジニアが入念に計算機システムを設計/製作した後に、Gaussianのセットアップを行い全テストプログラムを実行させます。その結果をリファレンスと照合し正常/異常を確認しています。こうして完成させたGaussianの計算機環境を原型として、お客様に納入する計算機システムを製作します。さらに、お客様のサイトでもGaussianのセットアップ完了後に、テストプログラムを用いて並列動作の確認やスクラッチディスクの動作確認を複合的に行い、正常動作の確認をします。

◇ Gaussian運用開始までの支援

導入された計算機を間違いなく適切に使用していただくため、Gaussianの運用開始までの導入支援を行っています。オンサイトセットアップを行う場合にはお客様に操作していただきGaussian実行のデモンストレーションを行います。さらに、計算機に標準バンドルされているジョブ管理ソフトLSFを利用したGaussianの利用方法の説明も行います。このデモンストレーションの後に、ご希望があればお客さまにも実際に操作をして頂き、疑問点やご質問などにもその場でお答えします。お引渡しが終わる頃には、Gaussian計算機は本格稼動を開始しています。プロ仕様のGaussian用計算機システムが家電製品のような感覚で導入日から本格稼動します。

◇ Gaussian運用開始後のサポート

万一の障害に際しても、弊社とデルサポートが連携して迅速な復旧を当日/翌日オンサイト保守で３年間無償で行います。Gaussianのバージョンアップのご相談にも応じます。

Gaussianセットアップサービスのお勧め

安心して利用できるGaussian計算機環境を実現するGaussianセットアップサービス

大規模計算を高速に安定して動作させ、安心して利用できるGaussian計算機環境を構築するには多くのノウハウが必要です。そこで弊社では多くのお客様に安心して高品質なGaussian計算機環境をご利用していただけるように、Gaussianセットアップサービスを施したGaussian計算機環境をご提供しています。

Gaussianセットアップサービスの基礎にある地道な開発

大規模なGaussianの計算を高速に安定して稼動させるためにはHPC計算機システムそのものが優れていることが大前提となります。弊社では安定したデルのハードを採用する一方で、計算機の継続的な基本テストを行っています。テストでは現実のアプリケーションを動作させて性能を確認すると同時にソフト的な構成変更を徹底的に繰り返し、速度と信頼性を両立させるベストコンフィギュレーションを探り出してゆく地道な作業です。このようにして辿り着いた構成こそが弊社のノウハウの集大成ともいえる計算機システムです。

Gaussian社指定の64bit正規ビルド

Gaussianを安心して利用するためにはPGIコンパイラを用いてGaussian社指定の64bit正規ビルドを行う必要があります。この64bit版のGaussianバイナリを用いると、大きな64bitメモリ空間やディスク空間を使えるため、大規模なGaussian計算を安心して実行することができます。弊社のGaussianセットアップサービスは正規ビルドに対応しており、Gaussianの計算結果を安心して利用していただけます。

大容量メモリの搭載

32GBや64GBもの大容量メモリの搭載が一般化するに従い、従来は64bitの大型UNIX計算機でしか実行できないとされていた、大きなメモリ空間を必要とする種類のGaussianの計算が、手元の計算機で実行できるようになっています。Gaussianセットアップサービスでは、この64bitメモリ空間を活かしたセットアップを行い、安心して大規模計算を実行していただけるようにしています。

スクラッチディスクの構築と設定

Gaussianによる大規模なアウトコアソルバ計算では専用の高速スクラッチディスクの効果は絶大です。そこで弊社ではハードウェアの選定段階からお客様のご要望に最適の構成を提案し、セットアップにも反映させる一貫したサービスを行っています。Gaussianセットアップサービスではデフォルトの環境変数として、スクラッチディスクをHPCクラスタを構成する各ノードのローカルのスクラッチディスクに指定します。そのため、Gaussianのインプットファイルの中でスクラッチのパスを指定する必要はありません。

スクラッチディスク実装の注意点

ローカルのシステムディスクをスクラッチ用に利用することは良くありません。システムディスクをスクラッチで利用するとディスクの寿命を短くします。また、HPCクラスタでは高速ディスクアレイを共有スクラッチとして実装する設計もありますが、この構造も安定運用には不向きです。

ホストの環境設定での注意点

さて一般的なHPCクラスタの設定では、ホームディレクトリをNFS共有し、ユーザ環境はNISで共有しています。もちろんGaussian用のHPCクラスタでもNFSとNISの設定は大切でが、これだけでは設定不足のため問題が起こります。実はGaussian用のHPCクラスタでは、スクラッチディスクを各ノードのローカルディスクに指定しておかないとインプットファイルのある各ユーザのホームディレクトリ内にスクラッチファイルが作成されてしまい、ネットワークやホームディレクトリへ負荷が集中してしまいます。その結果、NFSのI/O性能がボトルネックなります。さらにホームディレクトリのデータサイズが巨大化したり、ホームディレクトリに使われているの負荷が高くなり寿命を短くする危険があります。

ジョブスケジューラーとライセンス管理

マルチコア計算機になると単体のマシンでもジョブスケジューラの有効性が高まります。ましてマルチコア計算機によるHPCクラスタでは、ジョブスケジューラは必須アイテムになります。また、ライセンス管理されている他のソフトウェアとの同居も行われるようになると、さらに高度なジョブスケジューリングが求められます。弊社のセットアップサービスではこれらにも対応したサービスを行っています。

多くの導入実績

弊社は64bitマルチコア環境でGaussianを正規ビルドした計算機の豊富な導入実績を持っています。その製作からサポートを行う過程で蓄積したノウハウを受け継ぎ、より良い計算機をご提供しています。

Gaussian 03用のHPC計算機とクラスタ