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分子動力学計算用 静音HPCクラスタシステム
Quad-Core Xeon WS + Intel-MPI + GbE
Quad-Core Xeon WS + Intel-MPI + InfiniBand (DDR)
分子動力学計算の並列処理を高速に実行する高性能なHPCクラスタを、右の写真のように静音ワークステーションをクラスタリングすることで実現しているため、高い静粛性をもっています。演算ノード、スイッチ類、ファイルサーバ類、開発環境からアプリケーションのビルドに至るまで、全てにおいてクラスタシステムで実績のある製品を組み合わせで構成しており、高性能の実現、迅速なシステムの運用開始、確実な安定動作、優れたオンサイト保守など、HPC計算機としての要件が満たされており、安心してご導入していただけます。セミカスタム製品のため廉価な価格と、性能の高さの両立も魅力です。もちろん分子動力学計算の並列演算性能は優れています。
実績の豊富な静音ワークステーションを採用
◇ 多くの安定稼動実績を誇るDPr490とDPr690を採用
◇ 静かな居室に置いても違和感のない静粛さと、HPCでの高負連続動作を両立
◇ Quad-Core Xeon 8CPUコアによる高いCPUコア密度により省スペースを実現
◇
消費電力性能比の高いQuad-Core Xeonにより省エネルギーに優れて、空調問題や電源問題をクリア
◇ ワークステーション筐体のためWindowsをインストールだけでパソコンとして再利用可能
右の参考写真はQuad-Core Xeon機による5node、10CPU、40CPUコアのクラスタでInfiniBandで通信をさせています。単体でも8CPUの並列計算で高速ですが、より高速な処理を実現するために小規模なクラスタを実現するならGbE + Intel-MPIを選択することになります。さらに、並列度を向上させる場合にはInfiniBandの採用となります。
性能の出る実績を持つHPCクラスタ・ハードウェア
◇ AmberやCHARMMで実際の性能を確認している計算機システムインテグレーション
◇ 最新のIntel-MPI、Intel MKL、Intel Cmpilerなどを搭載
◇ 実際のアプリケーションで性能確認しているGbEスイッチを採用
◇ 経験のある高速InfiniBand (DDR)スイッチをオプション化
チューニング実績のある分子動力学アプリケーション
AmberやCHARMMなどの分子動力学アプリケーションの実践的なインテグレーション経験持ち、実際のシステムで性能を出しています。
HPCクラスタの演算ノード
計算機本体 : HPC-ProServer-DPe490、DPr690
CPU : Intel Quad-Core Xeon、FSB1333MHz、L2キャッシュ8MB
メモリ : DDR2-667 FB-DIMM ECC 4GB
HDD :
システムディスク SATA 250GB x 2(２重化)
Network : 10/100/1000対応 全二重自動認識 2port
その他 : CD-ROM、USB 109日本語キーボード、USB マウス
OS : CentOS 4 x86-64 kernel 2.6.9-42
システムインターコネクト (有償オプション)
スイッチ : GbE、InfiniBand (DDR)からの選択
GbEでは2〜4ノード程度までが並列計算の実用限界とお考えください。
開発環境など
C/C++ : インテルC++コンパイラ シングルユーザーライセンス
Fortran : インテルFortranコンパイラ シングルユーザーライセンス
ライブラリなど : Intel-MKL、Intel-MPI
ジョブスケジューラ : Platform LSF ( 3年間期限付ライセンス )
ジョブスケジューラ : Platform LSF ( 3年間期限付ライセンス )
ファイルサーバ・管理サーバ
お客様のご要望に応じてRAID10ファイルサーバを実装します。容量は500GB〜30TB程度までは標準的に対応できます。クラスタの管理サーバは、標準ではファイルサーバを共用しますが、ご要望に応じて独立に設置することも可能です。
無停電電源装置
ファイルサーバ・管理サーバ・スイッチには無停電電源装置の接続が必須なため標準化しています。
サポートサービス
サポート :
標準保守サービス３年間翌営業日対応オンサイト保守サービス
設定 : システムネットワーク設定サービス
設定 : ジョブスケジューラー Platform LSF 、インテル開発環境製品インストールサービス
設定 : 科学技術計算用アプリケーションインストールサービス
設定 : 各アプリケーションのビルドサービス (有償のオプション)
ソフトウェアの取り扱い
アプリケーションの販売 : 各アプリケーションは取り扱いベンダーと提携し、弊社からの販売も可能