分子動力学計算機の構成例 HPCテクノロジーズ

分子動力学計算用HPCクラスタシステム
1U Quad-Core Xeon + InfiniBand (DDR) + Intel-MPI

分子動力学計算用の並列処理環境に最適な1Uサーバをラック搭載したHPCクラスタです。演算ノード、スイッチ類、ファイルサーバ類、開発環境からアプリケーションのビルドに至るまで、全てにおいてクラスタシステムで実績のある素材を組み合わせて構成しており、高性能、確実な動作、迅速な稼動開始を実現しながらも、セミカスタムのため廉価な価格でご提供できます。

実績の豊富な1Uサーバを採用

◇ 弊社で安定稼動実績を積み重ねているDPe1950 1Uサーバを使用
◇ 1Uラックマウントタイプのため省スペース
◇ Quad-Core Xeon 8CPUコアにより高いCPUコア密度を達成
◇ 高いCPUコア密度により、16Uスペースで128CPUコアを余裕で搭載可能
◇ ファイルサーバやUPS、スイッチ類など全てをスッキリとラックに搭載し、保守も容易
右の参考写真のラックに搭載されている1Uサーバは13台であり、Quad-Core Xeonが搭載されているとすると、これで13node、26CPU、104CPUコアが搭載されていることになります。

性能の出る実績を持つHPCクラスタ・ハードウェア

◇ AmberやCHARMMで実際の性能を確認しているシステムインテグレーション
◇ 最新のIntel-MPI、Intel MKL、Intel Cmpilerなどを搭載
◇ 実際のアプリケーションで性能確認しているGbEスイッチを採用
◇ 経験のある高速InfiniBand (DDR)スイッチをオプション化

チューニング実績のある分子動力学アプリケーション

AmberやCHARMMなどの分子動力学アプリケーションの実践的なインテグレーション経験持ち、実際のシステムで性能を出しています。

HPCクラスタの演算ノード

計算機本体 : HPC-ProServer-DPe1950
CPU : Intel Quad-Core Xeon、FSB1333MHz、L2キャッシュ8MB
メモリ : DDR2-667 FB-DIMM ECC 4GB
HDD : システムディスク SATA 250GB x 2 (２重化)
Network : 10/100/1000対応全二重自動認識 2port
電源 : 冗長性なし構成
その他 : CD-ROM、スライドレール、USB 109日本語キーボード、USB マウス
OS : CentOS 4 x86-64 kernel 2.6.9-42

システムインターコネクト (有償オプション)

標準スイッチ : InfiniBand (20Gbps, DDR)
(別途GbEにも対応してますが、2～4ノード程度までが実用領域とお考えください。)　

開発環境など

C/C++ : インテルC++コンパイラシングルユーザーライセンス
Fortran : インテルFortranコンパイラシングルユーザーライセンス
ライブラリなど : Intel-MKL、Intel-MPI
ジョブスケジューラ : Platform LSF ( 3年間期限付ライセンス )

ファイルサーバ・管理サーバ

お客様のご要望に応じてRAID10ファイルサーバを実装します。容量は500GB～30TB程度までは標準的に対応できます。クラスタの管理サーバは、標準ではファイルサーバを共用しますが、ご要望に応じて独立に設置することも可能です。

無停電電源装置

ファイルサーバ・管理サーバ・スイッチには無停電電源装置の接続が必須なため標準化しています。

EIAラック

ご要望の高さのEIAタイプのラックに搭載して納入します。弊社内で組み立てたのち、専用台車に搭載して納入しますので、迅速に本稼動を開始させることが特徴です。

サポートサービス

サポート : 標準保守サービス３年間翌営業日対応オンサイト保守サービス
設定 : システムネットワーク設定サービス
設定 : ジョブスケジューラー Platform LSF 、インテル開発環境製品インストールサービス
設定 : 科学技術計算用アプリケーションインストールサービス

設定 : 各アプリケーションのビルドサービス (有償のオプション)

ソフトウェアの取り扱い

アプリケーションの販売 : 各アプリケーションは取り扱いベンダーと提携し、弊社からの販売も可能

分子動力学計算用HPC計算機の構成例

分子動力学計算用HPCクラスタシステム 1U Quad-Core Xeon + InfiniBand (DDR) + Intel-MPI